Хеликаза движется по молекуле, используя энергию гидролиза нуклеотидтрифосфатов (АТФ, ГТФ). 24 Фермент движется вдоль сахарофосфатного остова нуклеиновых кислот (ДНК, РНК, гибридов между ДНК и РНК) и разрывает внутри- или межмолекулярные водородные связи между основаниями. 24

Модель движения хеликазы может быть следующей:

• Пассивные геликазы двигаются подобно броуновским трещоткам, их приводят в движение тепловые флуктуации и последующие анизотропные градиенты по всей решётке ДНК. 1
• Активные геликазы действуют аналогично шаговым двигателям, раскручиваясь и перемещаясь вдоль субстрата благодаря энергии, вырабатываемой при гидролизе АТФ. 1