Гребневики могут оказывать как положительное, так и отрицательное влияние на морские экосистемы. 35

С одной стороны, гребневики могут стабилизировать морские экосистемы, регулируя численность зоопланктона. 5 Например, они предотвращают чрезмерное количество веслоногих моллюсков от поедания всего фитопланктона, который является важной частью морских пищевых цепочек. 3

С другой стороны, некоторые виды гребневиков, например Mnemiopsis leidyi, наносят значительный урон экосистемам, пожирая зоопланктон и икру местных рыб. 5 Так, в 1980-х годах этот вид, завезённый кораблями вместе с балластными водами в Чёрное и Азовское моря, нанёс большой урон, результатом стала эвтрофикация водоёмов. 5

Кроме того, при отмирании больших скоплений гребневика может происходить загрязнение вод разлагающимися органическими веществами, что приводит к ухудшению кислородного режима как в толще воды, так и в донных отложениях. 1