Горизонтальный перенос генов повлиял на эволюцию живых организмов следующим образом:

• Стирал границы между видами как генетически обособленными популяциями. 1 Вместо ветвящегося эволюционного древа появилась концепция «эволюционной сети». 1 Более или менее стабильной эволюционной единицей стал квазивид — набор нескольких линий, генетически взаимодействующих и поддерживающих друг друга. 1
• Приводил к эволюционным изменениям в организме. 3 Новые гены могли добавлять новые функции и свойства, а также делать организмы устойчивыми к антибиотикам и другим факторам среды. 3
• Позволял развиваться организмам квантовыми скачками. 25 Например, кофейный жук-мотылёк получил уникальный ген HhMAN1, который помогает ему расщеплять галактоманнан. 25 За счёт этого букаха способна есть и переваривать кофейные зёрна. 2