Гомология помогает учёным реконструировать эволюционную историю видов следующим образом: сходство структуры, физиологии или развития различных видов организмов, основанное на их происхождении от общего эволюционного предка, указывает на общие эволюционные пути и адаптации. 24

В палеонтологии гомология позволяет сравнивать гомологичные структуры у современных и вымерших видов и понимать, как изменялись организмы в процессе эволюции. 4 Например, гомологичные зубные структуры у древних и современных млекопитающих помогают реконструировать их диету и образ жизни. 4

В биогеографии гомологичные структуры у видов, обитающих на разных континентах, могут указывать на их общее происхождение и последующее расселение. 4 Изучение гомологии помогает понять, как виды адаптировались к различным экологическим условиям в разных частях света. 4

В систематике гомологичные структуры и гены являются важными критериями для определения родства между видами и построения филогенетических деревьев. 4 Изучение гомологии помогает систематикам выявлять новые виды и пересматривать классификацию уже известных. 4