Гомологичная рекомбинация используется для горизонтального переноса генов между бактериями путём замены «своего» фрагмента ДНК на похожий «чужой». 3

Это происходит в результате конъюгации — объединения двух бактериальных клеток протоплазменным мостиком и передачи хромосомы из донорской клетки в реципиентную, после чего отдельные участки хромосомы реципиента заменяются на соответствующие фрагменты донора. 1

Также гомологичная рекомбинация необходима для заключительного этапа трансдукции, когда горизонтальный перенос генов между бактериями осуществляется с помощью вируса-бактериофага. 2

Обычно рекомбинация при горизонтальной передаче генов происходит только между похожими бактериями, поскольку для неё требуется, чтобы ДНК донора и реципиента были очень похожи. 2