Для защиты от хищников голожаберные моллюски используют различные механизмы:

• Камуфляж. 1 Некоторые виды имитируют окружающую среду, чтобы избежать нападения хищников. 1 Для этого у них яркая окраска и форма тела, которая повторяет тот субстрат, на котором данный вид встречается чаще всего. 2
• Химическая защита. 14 Некоторые голожаберные, питающиеся губками, концентрируют в своём теле химическую защиту от губок-жертв, делая себя неприятными для хищников. 1 Также для защиты от нападений хищников они выделяют чернила, которые активно выбрасываются в виде защитной жидкости на нападающего хищника. 4
• Использование клептокнид. 5 Это стрекательные капсулы, позаимствованные из тела жертвы. 5 Они являются своеобразным «трофейным оружием», так как встраиваются в организм моллюска из поедаемых им организмов. 5