Гипотезы происхождения ядра связаны с другими клеточными органеллами следующим образом:

• Синтропная модель предполагает, что ядро возникло в результате симбиотических взаимоотношений между археей и бактерией. 1 Эта гипотеза аналогична практически доказанным теориям происхождения митохондрий и хлоропластов, которые возникли в результате эндосимбиоза прото-эукариот и аэробных бактерий. 1
• Инвагинационная гипотеза предполагает, что предком эукариотической клетки был аэробный прокариот. 5 К такой клетке могли прикрепляться другие прокариоты. 5 Потом их геномы объединялись. 5 Ядро, митохондрии и пластиды возникли путём впячивания и отшнуровывания участков клеточной мембраны. 5
• Гипотеза вирусного эукариогенеза предполагает, что окружённое мембраной ядро, как и другие эукариотические элементы, возникли вследствие инфекции прокариотической клетки вирусом. 1 По одной версии, ядро возникло при поглощении клеткой большого ДНК-содержащего вируса. 1

Таким образом, гипотезы происхождения ядра учитывают взаимосвязь с другими клеточными органеллами, например, в случае с митохондриями, которые, по одной из теорий, возникли в результате симбиоза предка эукариот с альфа-протеобактерией. 2