Гипотеза связана с научными теориями следующим образом: теории предшествует гипотеза, которая получила некоторое воспроизводимое подтверждение. 4 Достаточное наличие и обоснованность экспериментов и научных опытов, подтверждающих явления, предполагаемые в гипотезе, делают её теорией. 4

Развитие теорий и построение прикладных моделей всегда требует введения ряда вспомогательных гипотез. 2 Они образуют с исходной теорией одно целое, взаимно подкрепляя друг друга и обеспечивая прогрессирующий рост научного знания. 2

Например, применение квантовой механики в качестве теоретической основы предсказания свойств различных химических веществ оказывается невозможным без введения специальных гипотез. 2

При этом гипотеза отличается от теории тем, что главной её составляющей являются предположения, в то время как главной компонентой теории выступают законы. 3