Гипотеза синтрофии объясняет происхождение эукариотической клетки через метаболический симбиоз между тремя партнёрами: асгардархеей, дельта-протеобактерией и альфа-протеобактерией. 2
По этой гипотезе, если клетка археи образует для увеличения поверхности мощные выросты, симбиотическая бактерия может оказаться между ними и продолжать прежний образ жизни. 1 Затем выросты ветвятся, сливаются, и бактерия оказывается заперта в полости, где её кормят. 1
Со временем система замкнутых полостей стала эндоплазматической сетью эукариотической клетки. 1 А митохондрии пробуравили мембрану, ограничивающую эти полости, и выбрались прямо в цитоплазму. 1 Так возникла химера, объединяющая в себе признаки совершенно разных организмов: археи и бактерии. 1