Гидрофобный эффект влияет на формирование структуры белка следующим образом: в водной среде полипептидная цепь стремится свернуться таким образом, чтобы гидрофобные группы сблизились возможно теснее, вытолкнув воду. 2

Так свертываются многие глобулярные белки. 2 Их гидрофобные группы аминокислот бывают обращены при этом внутрь, к центру молекулы, имеющей почти шарообразную форму, а гидрофильные группы — наружу, к водной среде, что делает белок растворимым. 2

Гидрофобное взаимодействие является одним из основных факторов, определяющих третичную и четвертичную структуру белковой молекулы, так как именно оно играет важную роль в упаковке белка и его взаимодействии с другими доменами и окружающей средой. 5