Генотип влияет на фенотип организма следующим образом:

1. Ген контролирует структуру белка одного вида, обладающего чаще всего ферментативной активностью. 1 Регулируя биосинтез белков или другие важные биохимические превращения, фермент оказывает влияние на проявление того или иного признака и, тем самым, на формирование или изменение фенотипа организма. 1
2. Проявление действия генов и характер возникающего признака зависят от условий окружающей среды. 1 Условия среды воздействуют на особенности протекания и скорость биохимических реакций и, тем самым, оказывают влияние на фенотипический признак или степень его выраженности. 1

Например, цвет лепестков гороха определяется исключительно генотипом: лепестки могут быть фиолетовыми или белыми в зависимости от аллелей, присутствующих в растении гороха. 2 Однако на другие признаки генотип влияет лишь частично: на них влияют дополнительные факторы, такие как окружающая среда и эпигенетические факторы. 2

При этом особи с разными генотипами могут иметь одинаковый фенотип, а особи с одинаковым генотипом могут в различных условиях отличаться друг от друга. 3