Генетический инженер определяет, какой ген вставить, на основе цели для получающегося организма. 12 В некоторых случаях затрагивается только один или два гена, для более сложных целей могут быть задействованы целые пути биосинтеза, включающие несколько генов. 2

Для определения потенциальных генов проводятся генетические скрининги. 2 Простой скрининг включает случайную мутацию ДНК с помощью химических веществ или радиации, а затем отбор тех, которые демонстрируют желаемый признак. 2 Для организмов, в которых мутация непрактична, учёные ищут особей среди популяции, которые проявляют эту характеристику в результате естественных мутаций. 2

Также можно предсказать вероятную функцию гена, сравнив его последовательность с последовательностью хорошо изученных генов модельных организмов. 2

Разработка микрочипов, транскриптомов и секвенирования генома значительно облегчила поиск подходящих генов. 1