Генная систематика помогает в изучении разнообразия микроорганизмов, позволяя сравнивать отдалённые организмы, которые могут не иметь общих фенотипических признаков. 4

Некоторые способы, как это происходит:

• Сравнительный анализ генетических структур различных групп микроорганизмов с помощью комплекса молекулярно-биологических методов. 4
• Определение филогенетического положения изучаемых микроорганизмов на общем дереве прокариот. 4
• Идентификация новых штаммов бактерий, в том числе возбудителей заболеваний человека и животных, а также штаммов, перспективных для использования в промышленности и сельском хозяйстве. 4

Кроме того, изучение наследственности микроорганизмов позволяет выводить организмы с определёнными качествами, разрабатывать новые поколения антибиотиков и биологически активных веществ, бороться с многочисленными заболеваниями растений, животных и людей. 23