Генетика тёмных оттенков гнедой шерсти лошадей ещё недостаточно изучена. 4 Однако есть некоторые сведения о генах, которые влияют на формирование масти лошадей. 12

Доминантный аллель А при наличии гена Е в процессе эмбриогенеза переключает часть меланоцитов на синтез рыжего пигмента. 23 При этом аллель А распределяет чёрный пигмент, концентрируя его в гриве, хвосте и нижней части ног лошади, что приводит к образованию гнедой масти. 23

Рецессивный аллель а распределяет чёрный пигмент по всему телу, что приводит к образованию вороной масти. 23

Аллель At занимает промежуточное положение: он распределяет пигмент чёрный почти по всему телу, за исключением небольших областей вокруг глаз, вокруг ноздрей, возле локтей и в паху, что приводит к образованию караковой масти. 23

Также существует версия, что зональное потемнение определяется доминантным геном Sty (от англ. «sooty» — тёмный). 23

Наблюдения за родословными лошадей показывают сложную картину наследования, которая не может быть объяснена воздействием только одного гена. 2