Генетическое картирование помогло в понимании эволюции видов, в частности, следующим образом:

• Выявление неслучайного распределения генов по разным хромосомам и в пределах отдельных хромосом. 1
• Определение степени генетического родства организмов. 1 Сравнение генетических карт хромосом разных видов указывает на пути эволюционных преобразований генетического материала и степень родства. 1
• Исследование генетических различий между популяциями. 3 Анализ ДНК и других молекул позволяет установить время расхождения видов, что важно для понимания эволюционных процессов и миграций. 3
• Получение сведений о сцеплении разных генов. 1 Такие данные полезны для селекционной работы, так как позволяют планировать получение организмов с определёнными сочетаниями признаков. 1