Фотоавтотрофы положительно влияют на экосистемы водоёмов, формируя первичную биомассу, которая служит основой для функционирования последующих трофических уровней экосистемы. 2

Например, микроскопические планктонные водоросли, являющиеся основными продуцентами водных экосистем, используют солнечную энергию и осуществляют фотосинтез из углекислого газа и воды с выделением кислорода. 1

Однако развитие некоторых фотоавтотрофных организмов, например цианобактерий, может приводить к изменению гидрохимических характеристик, оптических и органолептических свойств воды. 2 Также они способны выделять в воду токсичные для гидробионтов вещества (цианотоксины), что может вызывать гибель молоди рыб. 2

Таким образом, влияние фотоавтотрофов на экосистемы водоёмов зависит от конкретных видов и условий в конкретном водоёме.