Формирование коралловых рифов на протяжении геологических эпох происходило под влиянием изменений климата и уровня Мирового океана. 3
В докембрии древнейшие рифоподобные постройки образовались благодаря синезелёным водорослям, которые выделяли карбонат кальция из морской воды и откладывали его в своих слизистых капсулах. 2 В результате консолидации этого материала образовались известковые желваки-строматолиты, из которых в основном и состояли древнейшие рифоподобные постройки. 2
В раннем кембрии (542–513 млн лет назад) рифы образовались в результате образования известковых водорослей и археоциатид — мелких животных конической формы, вероятно, связанных с губками. 1
В позднем мелу (100–66 млн лет назад) существовали рифы, образованные группой двустворчатых моллюсков, называемых рудистами. 1
В палеоцене и эоцене (третичный период) рост коралловых рифов замедлился. 2 Происходило вымирание ряда семейств древних склерактиниевых кораллов. 2 Вместо них появились семейства современных кораллов. 2
В олигоцене и миоцене интенсивный рост кораллов вновь возобновился. 2 Коралловые рифы, сформировавшиеся в этот период, приобретают вид и строение, близкое к современным рифовым постройкам. 2
В плейстоцене интенсивный рост толщ рифовых построек на морских мелководьях тропической зоны продолжался с некоторыми перерывами в периоды резких понижений уровня океана, связанных главным образом с периодическими оледенениями. 2
Большинство коралловых рифов образовалось после Последнего ледникового периода, когда таяние льдов привело к повышению уровня моря и затоплению континентальных шельфов. 1