Филогения влияет на современную систематику растений следующим образом: определяет родственные (генеалогические) отношения между известными видами (современными и вымершими). 5 Для этого используются различные подходы, например кладистика, молекулярная систематика, фенетика. 5

Филогенетические классификации считаются «естественными», поскольку они отражают филогению (эволюционную историю и взаимосвязь группы таксонов) растения. 1 В отличие от искусственных систем классификации, направленных на усиление идентификации, они считаются более точными и естественными. 1

Современная классификация цветковых растений основана на синтезе данных различных дисциплин, в первую очередь данных сравнительной морфологии, в том числе морфологии и анатомии репродуктивных и вегетативных органов, эмбриологии, палинологии, органеллографии и цитологии. 2