Филогенез влияет на современную биологическую систематику следующим образом: определение родственных (генеалогических) отношений между известными видами (современными и вымершими) становится важнейшей задачей современной систематики. 1 Для этого используются различные подходы (кладистика, молекулярная систематика, фенетика). 1

Филогенез служит основой для более точной и естественной таксономии с формально определёнными правилами. 1 Классифицированию предшествует рисование филогенетических деревьев, а система таксонов возникает как результат нарезания дерева на фрагменты, соответствующие его ветвям разного порядка. 2

Руководящим принципом филогенетической систематики является принцип филогенетического единства, воплощением которого стала концепция монофилетической группы, то есть имеющей одного общего предка. 3