Филогенетическая дифференциация влияет на формирование новых видов следующим образом: в результате естественного отбора происходит дифференциация популяций, расхождение признаков соответственно частным условиям среды и возникновение многообразия форм на месте прежнего однообразия. 2

Накопление адаптаций на протяжении многих поколений даже самых незначительных изменений многократно усиливается и приводит к тому, что исходный вид становится новым видом, то есть завершается видообразованием. 4

Независимая эволюция изолированных видов приводит к дивергенции — усилению различий между организмами разных видов — и к повышению видового разнообразия. 4

Пример филогенетической дифференциации — эволюция кровеносной системы в типе хордовых. 2 У представителей подтипа бесчерепных она построена очень просто: один круг кровообращения, отсутствие сердца и капилляров в системе жаберных артерий. 2 В надклассе рыб имеются двухкамерное сердце и жаберные капилляры. 2 У земноводных впервые появляется разделение кровеносной системы на два круга кровообращения, а сердце становится трёхкамерным. 2 Максимальная дифференциация характерна для кровеносной системы млекопитающих, сердце которых четырёхкамерное, а в сосудах достигается полное разобщение венозного и артериального кровотоков. 2