Филэмбриогенез может объяснить разнообразие форм и функций органов у разных видов тем, что он описывает эволюционные изменения хода индивидуального развития, ведущие как к усложнению структуры и функций органов, так и к их упрощению. 2

Некоторые способы, которыми филэмбриогенез объясняет разнообразие:

• Анаболия. 2 Если развитие определённого органа у потомков продолжается после той стадии, на которой оно заканчивалось у предков, происходит надставка конечной стадии развития (анаболия). 2 Например, формирование четырёхкамерного сердца у млекопитающих. 2
• Девиация. 2 Если развитие органа на промежуточных стадиях уклоняется от того пути, по которому шёл его онтогенез у предков, происходит девиация (отклонение). 2 Например, у рыб и у пресмыкающихся чешуи возникают как утолщения эпидермиса и подстилающего его соединительно-тканного слоя кожи. 2

Также филэмбриогенез объясняет, как в процессе эволюции второстепенная функция органа может стать главной (например, лёгкие преобразуются в плавательный пузырь, жаберная дуга — в челюстную). 13