ФАД участвует в реакциях энергетического метаболизма клеток в качестве переносчика электронов. 2 Он является первичным акцептором электронов и протонов в дыхательной цепи митохондрий. 2

Кроме окислительного фосфорилирования, ФАД задействован в ряде биохимических реакций, среди которых: перенос электронов, репарация ДНК, биосинтез нуклеотидов, β-окисление жирных кислот и катаболизм аминокислот. 3

Также известно, что при окислении ФАД-зависимых субстратов синтезируются лишь две молекулы АТФ, так как в этом случае электроны переносятся по дыхательной цепи, минуя первый пункт сопряжения. 5