Эволюция влияет на развитие новых промоторов в геномах следующим образом:
- Формирование регуляторных областей из мобильных элементов. 1 Это происходит в результате процесса «epistatic capture», когда в ходе эволюции последовательно формируются и закрепляются сайты связывания транскрипционных факторов. 1
- Активация мобильных элементов в стрессовых условиях. 1 Случайное повышение их активности может приводить к заметным изменениям в геноме: от полногеномных перестроек до локальных мутаций. 1
- Эволюционная динамика псевдогенов. 2 Они иногда могут транскрибировать себя, используя промотор близлежащего активного гена. 2 Эволюционная динамика их последовательностей за счёт инсерций и делеций нуклеотидов способна либо восстановить прежнюю функцию, либо привести к возникновению нового белкового продукта с новой функцией. 2
Кроме того, новые промоторы, как только они возникают в геноме, претерпевают быструю эволюцию последовательности. 3 Промоторы без функциональных ограничений могут быстро эволюционировать, прежде чем быть удалёнными без ущерба, тогда как те, которые приобретают функциональные ограничения, будут эволюционировать сравнительно медленно и будут невосприимчивы к удалению, поэтому сохраняются дольше. 3