Эволюция онтогенеза отражается на развитии различных организмов следующим образом:

• Усложнение или упрощение развития. 1 С переходом к многоклеточности онтогенез усложняется по форме и удлиняется по времени. 1 Например, у простейших, паразитических червей и членистоногих очень сложные жизненные циклы, а у высших позвоночных он упрощается. 1
• Возникновение регуляторных механизмов и повышение устойчивости онтогенетического развития. 1 Организм постепенно «освобождается» от влияния случайных и кратковременных изменений среды, становится всё более автономным. 1
• Появление филэмбриогенезов. 3 Это отклонения от онтогенеза, характерного для предков, проявляющиеся в эмбриогенезе, но имеющие адаптивное значение у взрослых форм. 3 Например, закладки волосяного покрова появляются у млекопитающих на очень ранних стадиях эмбрионального развития, но сам волосяной покров имеет значение только у взрослых организмов. 3 Такие изменения онтогенеза, будучи полезными, закрепляются естественным отбором и воспроизводятся в последующих поколениях. 3
• Влияние на видообразование. 4 Для животных с метаморфозами личиночного развития характерен высокий уровень видообразования. 4 В личиночные процессы с высокой экспрессией генов внешние условия жизни оказывают стимулирующее влияние на генетические перестройки и эволюционные процессы. 4