Эволюция и филогения бактерий повлияли на их современную классификацию следующим образом:

• Использование числовой таксономии. 1 Этот метод основан на сравнении ряда характеристик, таких как присутствие или отсутствие капсульного слоя, требования к кислороду, сходство нуклеиновых кислот и белков, способность к спорообразованию, подвижность и наличие или отсутствие некоторых ферментов. 1 Исследование этих показателей позволяет оценить степень сходства или различия между микробами. 1
• Применение филогенетического подхода на основе анализа белковых и нуклеотидных последовательностей. 4 Это позволило установить дистанцию между представителями ныне существующих групп бактерий как по общему сходству, так и по отдельным продуктам генов. 4

Также по мере изучения биологии бактерий исследователи начали применять для классификации помимо морфологических и другие признаки: физиолого-биохимические, цитологические, серологические, иммунологические и другие. 2