Эволюционные теории объясняют разнообразие форм онтогенеза в животном мире через следующие процессы:

• Гетерохронии. 2 Сдвиги в относительных темпах развития различных систем органов имеют основное значение для эволюции онтогенеза. 2
• Девиации. 1 Зачатки сначала развиваются как у предков, а затем их развитие отклоняется, так что орган у взрослого принимает иную форму. 1 Примеры: развитие разных типов крыльев из соответствующих зачатков в разных отрядах насекомых, формирование разной формы конечностей у позвоночных, различное развитие зачатков зубов в разных отрядах млекопитающих. 1
• Анаболии (надстройки). 1 Появление дополнительных конечных стадий морфогенеза по сравнению с предковой формой. 1 Примеры: появление межпредсердной и межжелудочковой перегородки в сердце, развитие лёгких (из парных отростков пищевой трубки). 1

Также регуляцию развития объясняют побочными эффектами хромосомных перестроек. 3 Изменения последовательности участков приводят к эволюционным изменениям, изменяя тип и характер онтогенетического развития. 3