Эволюционные изменения связаны с экспрессией генов следующим образом: контроль над временем, местом и количественными характеристиками экспрессии одного гена может иметь влияние на функции других генов в целом организме. 3

Изменения экспрессии генов могут быть вызваны как мутационными преобразованиями генетической среды, так и воздействиями внешних факторов. 1 Если воздействие мутационных изменений превышает определённый уровень, в ходе онтогенеза на том или ином его этапе экспрессируются новые гены и синтезируются новые белки. 1 Это приводит к изменениям взаимодействий в морфогенетических системах и в конечном итоге к появлению новых вариаций фенотипических признаков. 1

Также в процессе эволюции увеличение нуклеотидных последовательностей в геноме обеспечивает не только его количественное увеличение и появление семейств генов, но и создаёт предпосылки для накопления в них изменений, дивергенции генов и увеличения разнообразия контролируемых ими продуктов. 2