Эволюционные деревья помогают в понимании филогенетических связей организмов следующим образом:

• Наглядно показывают взаимосвязи между живыми организмами. 2 Каждый узел дерева представляет эволюционное событие: разделение предкового вида на два или более, которые в дальнейшем эволюционировали независимо. 2 Корень представляет общего предка всех рассматриваемых объектов. 2
• Позволяют определить общее происхождение и эволюционную дивергенцию. 1 Для этого исследователи сравнивают внутреннюю группу организмов с внешней и анализируют общие и уникальные черты между ними. 1
• Дают представление об эволюционной истории и взаимоотношениях между различными организмами. 1 Это достигается за счёт идентификации синапоморфий — производных признаков, общих для группы организмов и служащих доказательством общего происхождения. 1 Например, наличие специфических генетических маркеров или морфологических особенностей, общих для нескольких видов, может указывать на общее эволюционное происхождение. 1

Для построения филогенетических деревьев используют морфологические, палеонтологические и молекулярные данные. 1 Объединяя их, исследователи могут построить всеобъемлющие деревья, которые точно отображают эволюционную историю организмов. 1