Клювоголовые эволюционно связаны с чешуйчатыми пресмыкающимися. 13 Вместе их объединяют в надотряд лепидозавров. 3

Клювоголовые происходят от верхнепермских примитивных пресмыкающихся эозухий, к которым близки были и предки чешуйчатых. 1 Ряд признаков сближает их с чешуйчатыми пресмыкающимися: наличие ямки на конце языка, отхождение кожи от всего тела сразу при линьке, клоака, открывающаяся поперечной щелью, отсутствие отверстия в стремечке, срастание тазовых костей у взрослых особей, а также наличие плоскостей перелома в хвостовых позвонках, что позволяет им отбрасывать хвост. 3

В отличие от чешуйчатых, клювоголовые имеют гастралии, нижнее височное окно закрыто или почти закрыто, при этом скуловая кость контактирует с чешуйчатой, на нижней челюсти имеется хорошо выраженный венечный отросток, а на предчелюстной кости имеется вырост. 3