Эволюция жаберных щелей у рыб шла в направлении уменьшения их числа. 3 Например, у ланцетника более 150 пар жаберных щелей, у хрящевых рыб 5–7 пар, у костистых — 4 пары. 3

Также в процессе эволюции жаберные щели дали начало специальным органам дыхания — жабрам. 2 Жабры представляют собой складки слизистой оболочки, которые свешиваются в просвет жаберной щели, увеличивая общую поверхность газообмена. 2

Существует гипотеза, что метамерные жаберные щели произошли от метамерных выделительных органов (нефридиев), которые первоначально располагались в каждом сегменте тела предков вторичноротых. 1

При выходе позвоночных на сушу жабры и жаберные щели редуцировались, и возникли органы воздушного дыхания — лёгкие. 2