В процессе эволюции животных стадия гаструлы изменилась следующим образом:

• У кишечнополостных на стадии гаструлы формируется два зародышевых листка: наружный (эктодерма) и внутренний (энтодерма). 12
• У прочих групп многоклеточных животных, например позвоночных, помимо двух зародышевых листков, во время гаструлы образуется ещё один — мезодерма, занимающий место между экто- и энтодермой. 3 Развитие среднего зародышевого листка, представляющего собой хордомезодерму, является эволюционным усложнением фазы гаструляции у позвоночных и связано с ускорением у них развития на ранних стадиях эмбриогенеза. 3

Наличие стадии гаструлы у всех многоклеточных животных служит одним из доказательств единства их происхождения. 1 Согласно биогенетическому закону Геккеля—Мюллера, это обстоятельство указывает на существовавшего у всех многоклеточных животных общего предка, по строению напоминавшего гаструлу современных животных. 1