Эволюционное развитие и связи бандикутов с другими группами сумчатых остаются загадкой. 24

Некоторые черты, которые обособляют бандикутов от остальных сумчатых:

• Три пары нижних резцов. 24 Это объединяет бандикутов с другими многорезцовыми — хищными сумчатыми. 24
• Синдактилия — сращение II и III пальцев. 24 Такая особенность характерна для двурезцовых сумчатых, к которым относятся, например, кенгуру и вомбаты. 24

По результатам одного из исследований, сумчатые кроты являются сестринской группой по отношению к бандикутам, при этом клада, к которой относятся сумчатые кроты и бандикуты, находится в сестринских взаимоотношениях с хищными сумчатыми. 3

Существуют также гипотезы о родстве сумчатых кротов с двурезцовыми или хищными сумчатыми. 3