Эволюция эхолокационной системы у летучих мышей предполагает несколько гипотез: 2

1. По одной из них, эхолокация гортани развивалась дважды или более у рукокрылых: по крайней мере один раз у янгочироптер и по крайней мере один раз у подковообразных летучих мышей (Rhinolophidae). 2
2. По другой гипотезе, эхолокация гортани имела единственное происхождение у рукокрылых, то есть была базовой для группы и впоследствии была утрачена в семействе Pteropodidae. 2 Позже у рода Rousettus семейства Pteropodidae развился другой механизм эхолокации, использующий систему щёлканья языком. 2

Согласно находке скелетов вида ископаемых рукокрылых Vielasia sigei, сформировавшихся около 50 миллионов лет назад, эхолокация уже была развита у древних летучих мышей. 15 Палеонтологи выяснили, что эта древняя летучая мышь, несмотря на архаичные черты строения, была способна к продвинутой гортанной эхолокации, характерной для нынешних рукокрылых. 1