Эпитопы взаимодействуют с антителами за счёт нековалентных взаимодействий. 15

Некоторые силы, которые участвуют в этом процессе:

• Электростатические взаимодействия. 15 Возникают между заряженными боковыми группировками аминокислот в виде солевых мостиков. 15
• Водородные связи. 15 Возникают между электрическими диполями. 15
• Силы Ван-дер-Ваальса. 1 Обусловлены флуктуациями электронных облаков вокруг противоположно поляризованных соседних атомов. 1
• Гидрофобные взаимодействия. 15 Происходят, когда две гидрофобные поверхности стремятся сблизиться, вытесняя воду. 15

Чтобы антитело могло связаться с эпитопом, взаимодействующие участки должны быть комплементарными по конформации, распределению заряда и гидрофобности. 1

Прочность и количество связавшегося антигена антителами зависят от аффинности, авидности и валентности антител. 3