Эпистаз влияет на эволюционные процессы и форму эволюционных ландшафтов следующим образом:

• На эволюционные процессы: эпистаз предполагает, что многие аминокислотные замены допустимы только в определённых контекстах. 25 Если контекст иной, замена снижает приспособленность, и отбор её отбракует. 2 Это влияет на направленность эволюции: при сильном эпистазе мутации, закрепившиеся ранее, влияют на полезность последующих, и пути эволюции в значительной мере предопределены. 1
• На форму эволюционных ландшафтов: эпистаз уменьшает проходимость ландшафта приспособленности, превращая его в лабиринт узких тропок или горных хребтов. 25 Число доступных траекторий снижается, и кратчайший путь между двумя пунктами удлиняется. 25

Кроме того, высокий эпистаз считается сдерживающим фактором эволюции, а улучшения в высокоэпистатическом признаке имеют более низкую эволюционную способность. 4 Это связано с тем, что при любом данном генетическом фоне очень небольшое количество мутаций будет полезным, даже несмотря на то, что может потребоваться множество мутаций, чтобы в конечном итоге улучшить признак. 4