Эпистаз влияет на эволюционные процессы следующим образом:

• Определяет пути эволюционных изменений. 1 Адаптивные свойства (положительные или отрицательные) каждой новой мутации зависят от того, какие мутации уже накопились в геноме. 1 В случае одной «мутационной истории» одна и та же мутация может иметь положительный адаптивный характер (и тогда она с высокой вероятностью будет закреплена отбором), а в случае другого набора предыдущих мутаций эта же мутация станет отрицательной (и с высокой вероятностью будет элиминирована отбором). 1
• Ограничивает число разрешённых эволюционных траекторий. 3 Это делает адаптивную эволюцию более предсказуемой и более зависящей от начальных условий, то есть от того, какие мутации возникнут первыми. 3
• Влияет на скорость и возможные направления молекулярной эволюции. 1 Любая мутация, нейтральная или положительная в одном генетическом окружении, может оказаться отрицательной (вредной для носителя) в другом. 1