Эпистатическое взаимодействие генов влияет на проявление фенотипов тем, что одна пара генов подавляет (не даёт проявиться в фенотипе) другую пару генов. 4

В зависимости от вида эпистаза, расщепление по фенотипу происходит в разных соотношениях: 13

• При доминантном эпистазе расщепление может происходить в соотношениях 12:3:1, 13:3. 14
• При рецессивном эпистазе расщепление идёт в соотношениях 9:3:4, 9:7. 14

Например, при рецессивном эпистазе, как в случае с наследованием окраски шерсти у домовых мышей, мыши с генотипом А-bb и ааbb имеют одинаковый фенотип — все белые. 1

Также двойной рецессивный эпистаз часто имеет место в случае генов, кодирующих ферменты одного метаболического пути. 2 Если в клетке не будет экспрессироваться нормальная форма одного из этих ферментов, то не будет образовываться промежуточный продукт, служащий субстратом для последующих стадий. 2 В результате выработки нормального продукта пути не будет вне зависимости от того, какими аллелями представлены гены ферментов, катализирующих последующие стадии. 2