Эпигенетические изменения в нуклеосомах могут влиять на функции генов следующим образом:

• Модификация упаковки ДНК в нуклеосомах. 2 От степени её прилегания к белковым субъединицам зависит степень «компактности» упаковки ДНК, от которой в свою очередь зависит степень вероятности транскрипции определённых участков генома. 2
• Гистоновые модификации. 4 Модификации основных гистоновых белков влияют на структуру ДНК высокого порядка, регулируя таким образом доступность ДНК для процессов транскрипции и соответственно экспрессию генов. 4
• Метилирование ДНК. 4 Метилирование в промоторной зоне гена, как правило, приводит к подавлению соответствующего гена. 3 В то же время метилирование CpG-островков, которые находятся преимущественно в 5′ промоторной области генов, может ингибировать или стимулировать экспрессию соответствующего гена. 4