Энтодерма влияет на развитие органов дыхательной системы у животных тем, что из неё формируются жабры, лёгкие и плавательный пузырь. 12

Дыхательная система всех хордовых животных по происхождению и топографически связана с кишечником, то есть с энтодермой. 5 У водных хордовых функцию дыхания выполняют жаберные щели, пронизывающие передний отдел кишечной трубки-глотки. 5 У наземных хордовых жаберные щели закрываются во время эмбрионального развития, а затем исчезают, и функцию дыхания выполняют лёгкие, образующиеся из выпячивания кишечной трубки. 5

Таким образом, энтодерма закладывает основу для формирования органов дыхательной системы животных.