Эндостиль связан с эволюцией хордовых тем, что он возник у общего предка этих таксонов вместе с переходом на внутреннее питание для извлечения взвешенных частиц пищи из воды. 3

У низших хордовых-фильтраторов в эндостиле производится слизь, помогающая собирать частицы пищи и доставлять их в пищевод. 4 Также в нём накапливается йод, и, возможно, он является предшественником щитовидной железы позвоночных. 4

У личинок миног эндостиль превращается в щитовидную железу у взрослых особей и считается гомологичным щитовидной железе у всех других позвоночных из-за её йодоконцентрирующей активности. 3

Таким образом, эндостиль сыграл важную роль в эволюции хордовых, обеспечив переход к внутреннему питанию и, возможно, послужив предшественником щитовидной железы у некоторых групп животных. 34