Эмбриологические доказательства помогают учёным восстанавливать ход исторического развития различных групп организмов следующим образом:

• Сходство ранних этапов развития зародышей разных групп животных на ранних стадиях эмбрионального формирования (закон Бэра) указывает на родство и последовательность эволюционного расхождения групп организмов. 1 Например, у зародышей всех позвоночных сначала образуются хорда, нервная трубка и жабры. 1
• Изучение последовательных стадий развития зародыша иногда позволяет судить о далёких предках данного вида животных. 2 На определённых стадиях у зародыша могут присутствовать органы, непосредственно для данного вида не характерные, но характерные для его далёких предков. 2 Например, у зародыша млекопитающего на определённой стадии развития присутствуют жаберные щели — для млекопитающих не очень характерные, однако характерные и для зародышей рыб. 2
• Биогенетический закон (закон Мюллера-Геккеля) говорит о том, что каждая особь в индивидуальном развитии повторяет историю развития своего вида. 13 Однако за короткий период индивидуального развития особь не может повторить все этапы эволюции, поэтому повторение стадий исторического развития вида в зародышевом развитии происходит в сжатой форме, с выпадением ряда этапов. 3