Электрофорез в полиакриламидном геле помогает в секвенировании ДНК, разделяя полученные в реакции секвенирования радиоактивно или флуоресцентно меченые одноцепочечные фрагменты ДНК. 23

Полиакриламидный гель плотнее агарозного и лучше подходит для разделения очень коротких фрагментов (несколько десятков пар нуклеотидов), при этом можно увидеть разницу даже в один нуклеотид. 1

Во время электрофореза луч лазера в определённом месте геля возбуждает флуоресценцию красителей, и детектор определяет, какой нуклеотид в настоящий момент мигрирует через гель. 4 Таким образом, регистрируя последовательность появления нуклеотидов, прибор складывает «буквы» (нуклеотиды) в «текст» (последовательность ДНК). 4