Экосистема пещеры Шондонг адаптировалась к условиям подземного пространства, в частности к отсутствию солнечного света, благодаря нескольким факторам:

• Проникновение света. 12 Из-за огромной длины и сложного рельефа подземные ходы в некоторых местах близко подходят к поверхности земли. 2 Там возникают провалы, благодаря чему свет проникает под каменные своды. 2 Это позволяет развиваться растениям, например, создавать настоящие подземные джунгли с лианами, мхами и деревьями высотой 3 метра. 2
• Разложение растений. 3 Разложение растений создаёт питательную среду для насекомых и грибов. 3
• Эволюция животных. 1 Некоторые обитатели пещеры, например, рыбы и ракообразные, адаптировались к постоянной темноте и полагаются на другие органы чувств. 1 Так, рыбы используют чувствительные усики и кожу, улавливающую изменения давления воды. 1
• Роль летучих мышей. 1 Они играют важную роль в экосистеме, распространяя семена растений, растущих внутри пещеры. 1

Таким образом, благодаря совокупности этих факторов внутри пещеры Шондонг сформировалась автономная экосистема, изолированная от внешнего мира на протяжении миллионов лет. 3