Эффект основателя влияет на образование новых видов животных следующим образом: когда небольшая группа особей отделяется от основной популяции и длительное время существует изолированно, в их генотипе изначально не присутствуют все аллели исходной популяции. 1 Со временем генотипы особей новой популяции и исходной популяции начинают отличаться. 1

В крайних случаях эффект основателя приводит к видообразованию и последующей эволюции новых видов. 3 Это происходит, когда случайное изменение генетической частоты популяции способствует выживанию нескольких организмов вида с редкими генами, вызывающими репродуктивную мутацию. 3 Эти выжившие организмы затем размножаются между собой в течение длительного периода времени, создавая совершенно новый вид, репродуктивные системы или поведение которого больше не совместимы с исходной популяцией. 3