Эффект бутылочного горлышка влияет на популяции животных и растений следующим образом: вследствие критического уменьшения численности популяции происходит сокращение её генофонда (генетического разнообразия). 12

Процесс происходит в несколько этапов: 1

1. Изначально генетическое разнообразие популяции велико, поскольку условия среды благоприятны, ареал обитания широк, а особей много. 1
2. Затем в связи с наступлением неблагоприятных условий численность популяции резко падает — вплоть до нескольких особей. 1 Им приходится скрещиваться друг с другом — возникает инбридинг. 1 В результате генофонд сильно обедняется. 1
3. Численность популяции постепенно восстанавливается, но её генофонд по-прежнему остаётся бедным. 1 Восстановление генетического разнообразия требует много времени, поскольку происходит за счёт случайных мутаций (некоторые варианты генов при этом исчезают навсегда). 1

В результате выжившая популяция будет иметь генофонд, сильно отличный от того, который она имела до сокращения численности. 1

Пример эффекта бутылочного горлышка — сокращение популяции гепардов. 1 Примерно 300 лет назад эти животные оказались на грани вымирания: учёные говорят, что из всей популяции выжило лишь 7 особей. 1 Они дали потомство и в результате численность восстановилась. 1 Однако современные гепарды менее плодовиты и более подвержены болезням, чем их предки. 1

Также примером могут служить северные морские слоны, которые были почти полностью истреблены охотниками в конце XX века. 1 Животным удалось выжить, но генофонд их по-прежнему весьма скуден. 1