Древние вторичноротые животные могли влиять на эволюцию хордовых следующим образом:

• Обособление заднего отдела тела. 13 С его помощью предки вторичноротых временно зарывались в верхние слои грунта. 1 В дальнейшем этот отдел стал использоваться разными группами вторичноротых по-своему: 1

• Иглокожие и крыложаберные использовали его как прикрепительный стебелёк. 1

• Кишечнодышащие использовали этот отдел только у молодых особей: с его помощью они закапывались в толщу грунта. 1

• Погонофоры использовали этот отдел всю жизнь: он вооружён щетинками, торчит из заднего конца трубки, и благодаря его движениям погонофоры заглубляют задний конец трубки в толщу грунта по мере своего роста. 1

• Хордовые — единственная группа вторичноротых, использующая этот отдел как орган активного плавания. 13 Именно в связи с активной двигательной функцией этого органа в нём происходит полная сегментация мускулатуры и развивается хорда. 13

• Инверсия сторон тела. 1 В филогенетическом развитии хордовых произошёл переворот с морфологически брюшной на морфологически спинную сторону. 1 Это могло стать важнейшим эволюционным событием, которое определило формирование плана строения хордовых животных и его коренное отличие от планов строения вторичноротых и других беспозвоночных. 3