Доменная структура влияет на функционирование и эволюцию белков следующим образом:

В функционировании домены часто выполняют определённую функцию, необходимую для осуществления функций целого белка или для регуляции его работы. 3 Например, Ca2+-связывающий домен кальмодулина, гомеодомен, отвечающий за связывание с ДНК в различных факторах транскрипции. 5

В эволюции домены выступают единицами непрерывной эволюции белков, то есть эволюции, происходящей за счёт незначительных мутаций. 3 Одинаковые или похожие домены могут входить в состав не только эволюционно близких белков, но и белков, выполняющих совершенно разные функции. 3

Кроме того, организация крупных белков структурными доменами имеет преимущество для сворачивания белка, поскольку каждый домен способен сворачиваться по отдельности, ускоряя процесс сворачивания и уменьшая потенциально большую комбинацию взаимодействий остатков. 1