Цифровой микроскоп может применяться в научных исследованиях следующим образом:

• Изучение морфологии и тинкториальных свойств живых организмов. 1 С его помощью можно исследовать форму, структуру и размер клеток, наличие спор, капсул, жгутиков, расположение клеток относительно друг друга и другие характеристики. 1
• Получение результатов в динамике. 1 Это актуально при изучении живых микроорганизмов и клеток. 1
• Создание наглядных пособий. 1 Изображения объектов, полученные с помощью цифрового микроскопа, можно использовать в качестве демонстрационных таблиц для объяснения новой темы или при опросе учащихся. 13
• Исследование бумаги и текстиля. 2 С помощью цифрового микроскопа можно осмотреть и измерить бумажные волокна и текстуру, чтобы убедиться, что она соответствует спецификации. 2
• Выявление и анализ дефектов. 2 Прибор позволяет фокусироваться на сложных протяжённых объектах даже при большом увеличении и при наклоне объектива, что сокращает время, необходимое для выявления и анализа дефектов. 2