Цианобактерии влияют на глобальные биогеохимические циклы, в частности, следующим образом:

• Поглощение углекислого газа. 2 Цианобактерии способны поглощать углекислый газ из атмосферы, что важно для изменения состава атмосферы. 2 Фиксация и погребение углерода в морских осадках, которую обеспечивают цианобактерии, — ключевой механизм долгосрочного снижения содержания углекислого газа в атмосфере. 5
• Производство кислорода. 14 Цианобактерии осуществляют фотосинтез, в результате чего в атмосфере накапливается кислород. 13 Накопление свободного кислорода в атмосфере привело к образованию в ней озонового экрана, что стало предпосылкой возможности появления жизни на суше. 1
• Участие в формировании атмосферы. 1 Свободный кислород, который выделяют цианобактерии, вызывает окисление аммиака. 1 В результате окисления аммиака возникает свободный азот, который поступает в атмосферу. 1 Так возникает азотно-кислородная атмосфера Земли. 1
• Влияние на состав океанической воды. 1 Появление цианобактерий в водной среде стало началом фотосинтеза и биогеохимического продуцирования кислорода. 1 Вследствие этого происходило уменьшение СО2, что способствовало осаждению карбонатов железа, затем магния и кальция. 1