Эффект «бутылочного горлышка» влияет на генетическое разнообразие популяции следующим образом: из-за уменьшения генофонда популяции теряются многие варианты генов (аллели), которые присутствовали в ней до события «узкого места». 1

В результате «беднеют» генетические характеристики и меняется фенотип (характеристики, на которые влияет среда) вида. 1 Например, если в какой-то популяции рождалось больше голубоглазых и светловолосых людей, то во время прохождения через «бутылочное горлышко» именно эти варианты цвета волос и глаз исчезли. 1 В таком случае на генетическую сцену выйдут другие варианты генов — например, русый цвет волос и карие глаза. 1

После «узкого места» в небольших популяциях редко встречающиеся аллели также могут полностью утрачиваться. 1 Восстановление генетического разнообразия требует много времени, поскольку происходит за счёт случайных мутаций (некоторые варианты генов при этом исчезают навсегда). 2 В результате выжившая популяция будет иметь генофонд, сильно отличный от того, который она имела до сокращения численности. 2